La surveillance d'une maladie causée par un champignon du sol

L'UE domine le secteur mondial de l'olive, en termes de production comme de consommation. Cependant, les petites exploitations de ce secteur souffrent d'une faible rentabilité et sont vulnérables à la concurrence internationale et aux baisses de productivité.

Verticillium dahliae, un pathogène provenant du sol, est la plus grande menace pesant sur la productivité. Ce fléau affecte la production de nombreuses espèces cultivées, dont les olives. Ces dernières années des épidémies se sont produites à une fréquence croissante.

Les méthodes conventionnelles de détection sont complexes et lentes, et elles exigent des techniciens entraînés. C'est pourquoi l'UE a financé le projet VERTIGEEN («Inexpensive and reliable on-site solution for olive oil producers to contain Verticillium wilt»). L'objectif est de développer un système rapide pour détecter in situ le V. dahliae, en associant l'amplification de l'ADN avec des méthodes électrochimiques. L'appareil produit est abordable, facile à utiliser et rapide.

Le projet progresse comme prévu. L'équipe chargée de l'étude a commencé par enquêter sur les exigences du marché européen pour la détection. Les informations obtenues à partir d'un questionnaire soumis à des PME de quatre pays ont permis de d'adapter l'appareil aux besoins du secteur. Ces informations détermineront également le plan commercial à établir durant la seconde partie du projet.

Des protocoles pour la collecte et le traitement ont été définis pour les échantillons de sol et de plantes. D'autres méthodes de traitement ont été comparées et les effets de la saisonnalité ont été étudies. Des amorces spécifiques pour l'amplification de l'ADN ont été conçues, même si un travail d'optimisation reste nécessaire.

L'équipe a préparé la conception des composants matériels, dont un tube de réaction polymérique et des électrodes fabriquées par sérigraphie. Des diagrammes électriques pour l'unité de détection ont également été préparés, et le boîtier a été conçu et fabriqué. Une interface utilisateur basée sur un écran tactile de sept pouces est en cours de développement.

Des efforts importants ont été consacrés à la recherche documentaire sur la manière dont les niveaux d'inocula du sol affectent l'incidence de la maladie, le risque de maladie et les facteurs d'incidence. Ces informations vont déboucher sur un système de catégorisation du risque de maladie.

Le projet VERTIGEEN va réaliser un système permettant aux oléiculteurs de tester rapidement la présence de V. dhaliae dans le sol et les plantes. Ces informations leur permettront de réduire les risques d'infection et d'épidémie, et d'améliorer ainsi la production et leur compétitivité.