Le zooplancton et les bactéries de haute mer

Le projet ROMEO («Role of crustacean zooplankton on prokaryotic community composition in the Mesopelagic Ocean») a combiné une écologie de zooplancton à l'océanographie microbienne. L'objectif était d'étudier l'influence du zooplancton sur la composition et l'activité de la communauté procaryote en plein milieu de l'Atlantique Nord. Les procaryotes sont de simples organismes monocellulaires divisés en deux grands groupes: les archées et les bactéries.

Des échantillons de petits crustacés planctoniques appelés copépodes ont été collectés au cours de deux expéditions d'étude dans l'Atlantique Nord. Les scientifiques ont examiné le contenu de l'intestin de différentes espèces de copépodes afin d'obtenir un aperçu détaillé de la composition de la communauté procaryote qu'ils contenaient. Cette composition a été comparée à celle de la communauté procaryote vivant dans les eaux environnantes.

Les données recueillies ont été utilisées pour étudier la différence entre la composition bactérienne associée aux copépodes et la communauté bactérienne prélevée en pleine mer. Les échantillons de copépodes et de bactérioplancton ont été prélevés dans la même zone, à des profondeurs comprises entre 750 m et 100 m.

Les résultats ont révélé des différences significatives entre les communautés bactériennes associées aux types dominants de copépodes et les eaux environnantes. Les bacilles et actinobactéries dominaient en nombre la communauté associée aux copépodes alors que les alphaprotéobactéries, les deltaprotéobactéries et les synéchococcus étaient plus nombreuses dans la communauté vivant en pleine mer.

Toutefois, la présence de séquences d'ADN bactérien communes, appelées des unités taxonomiques opérationnelles, entre ces deux habitats distincts indique un échange de bactéries entre l'eau de mer et les copépodes. Ces résultats confortent l'hypothèse que les surfaces intérieures et extérieures des copépodes fournissent une niche écologique spécifique. Cette niche implique une forte pression sélective qui favorise les bactéries.

Les résultats du projet ROMEO apportent une meilleure connaissance de l'interaction entre le zooplancton, la principale source d'alimentation des poissons de l'Atlantique Nord, et les procaryotes. Les procaryotes sont les principaux vecteurs des cycles biogéochimiques des océans. Le projet améliore ainsi la compréhension du rôle essentiel que ces différents groupes d'organismes joue dans les écosystèmes pélagiques.