Étudier de nouvelles guildes des microbes dans le sol

Les microbes dans le sol tels que les bactéries et les champignons décomposent la matière végétale (cellulose) qui est riche en carbone. En tant que tels, ils jouent un rôle crucial dans le cycle du carbone sur Terre, or les facteurs qui influencent la diversité et l'activité microbienne du sol restent incompris.

Habituellement, seule une petite proportion des micro-organismes du sol pouvant être cultivés en laboratoire ont été étudiés afin de mieux comprendre la dégradation de la cellulose. Mais aujourd'hui, grâce à des techniques moléculaires modernes, les échantillons du sol peuvent être directement examinés.

Certaines de ces techniques ont récemment été étendues dans le cadre du projet SAE_SNSP_UVA («Nanosims enabled approach to understand bacterial and fungal cellulose degraders in soils»), financé par l'UE. Notamment, les chercheurs ont pu extraire des échantillons de composants suffisamment petits pour permettre le séquençage du génome à cellule unique à l'aide d'instruments avancés.

Comme preuve de concept de leur nouvelle méthode d'extraction, ils l'ont appliquée pour la détection des microbes dégradant la cellulose d'un sol d'une forêt de hêtres autrichienne. Plus spécifiquement, ils ont utilisé des études biogéochimiques, moléculaires et enzymatiques afin de caractériser différentes guildes de ces micro-organismes.

Une découverte majeure a été que l'ajout de glucose aux échantillons a provoqué un changement de la communauté montrant une préférence pour les bactéries, alors que l'ajout d'azote inorganique conduisait à une préférence aux champignons.

Cette étude a enrichi nos connaissances liées à la dégradation de la cellulose et aux facteurs qui la régissent. Les sols contiennent le plus grand bassin de carbone sur Terre, il est donc important de mieux comprendre son rôle dans le cycle du carbone terrestre.