Comprendre la résistance microbienne

Les antibiotiques sont des armes précieuses contre les infections bactériennes. Néanmoins, leur utilisation irréfléchie a entraîné l'apparition d'une résistance bactérienne, ceci limite les options thérapeutiques et présente une menace importante pour la santé humaine. L’évolution, l'émergence et la transmission de gènes de résistance aux antibiotiques étant des phénomènes mal compris, il est urgent d'élargir nos connaissances sur ces aspects.

Pour y remédier, le projet EVOTAR (Evolution and transfer of antibiotic resistance), financé par l’UE, a rassemblé des experts multidisciplinaires de toute l’Europe pour fournir des renseignements mécaniques sur l'évolution et la transmission de la résistance aux antibiotiques chez les agents pathogènes humains. Le consortium caractérisera le réservoir humain des gènes de résistance aux antibiotiques et étudiera la dynamique et l'évolution de l'interaction entre les bactéries résistantes et non résistantes.

Un catalogue des déterminants de résistance aux antibiotiques a été créé et recense plusieurs centaines de gènes de résistance aux antibiotiques. Autre fait important, les chercheurs ont identifié des gènes de résistance dans les bactéries commensales qui augmentent et se diversifient pendant l'hospitalisation dans les unités de soins intensifs. Pour évaluer la pertinence de chaque gène de résistance et sa transférabilité, le consortium a établi des approches génomiques et métagénomiques fonctionnelles en association à des lignées de bioinformatique. Ils ont, de plus, produit une plateforme de capture de gènes personnalisée de 81 000 cibles qui permet une meilleure détection des séquences impliquées dans la résistance aux antimicrobiens et leur transférabilité.

Pour aborder la condition physique et l'épidémiologie de la résistance aux antibiotiques, le consortium a développé des approches phylogénomiques et de modélisation par informatique des membranes pour décrire l'évolution et la transmission de la résistance. Des efforts considérables ont également été effectués dans le développement de composants qui réduisent les résidus antibiotiques dans l'estomac après un traitement antibiotique, réduisant ainsi la sélection de la résistance aux antibiotiques dans l'estomac. Les chercheurs ont également examiné l'identification d'inhibiteurs naturels de conjugaison bactérienne comme moyen de stopper la transmission de la résistance.

Les chercheurs procèdent actuellement à la réplication du transfert naturel des gènes de résistance dans des microcosmes contrôlés, ce qui permettra de mieux comprendre les mécanismes selon lesquels le transfert de gènes de résistance s'opère réellement.

Dans leur ensemble, les résultats d'EVOTAR fourniront des renseignements importants sur les réservoirs d'importance en tant que sources pour les gènes de résistance aux antibiotiques dans les agents pathogènes humains. Les informations sur l'évolution, le transfert et l'émergence de ces gènes devraient permettre de prédire les futures tendances de résistance.