La nouvelle carte des protéines humaines permettrait d'identifier des gènes cancéreux

Une équipe internationale de scientifiques a publié un document présentant une des cartes de protéines les plus détaillées jusqu'à aujourd'hui. Contenant 14 000 interactions entre des paires de protéines, cette nouvelle carte est plus de quatre fois plus vaste que toute autre carte de la sorte. D'après le magazine Lab Product News, elle contient davantage d'interactions de haute qualité que celles résultant de la totalité des études effectuées jusqu'à présent.

Identifier les interactions des protéines de cette façon permettrait aux chercheurs de comprendre comment les cellules fonctionnent au niveau moléculaire et, à terme, d'identifier certains des gènes impliqués dans le cancer. Sous la direction conjointe de Frederick Roth de l'université de Toronto et de Marc Vidal de la faculté de médecine de Harvard, l'étude est l'aboutissement des années de recherche sur l'interactome humain, la carte complète de toutes les interactions de protéine chez l'homme, afin de produire cette nouvelle carte.

L'identification des interactions entre protéines ressemble presque à l'élaboration d'un manuel pour la cellule humaine. Dans un entretien pour la revue Scientific American, Roth a présenté le rapport entre ses travaux et un mécanicien disposant d'une liste de pièces détachées d'automobile qu'il ne saurait pas comment interconnecter: «Nous partons d'une liste préliminaire reprenant les pièces détachées, sans ordre particulier, à une liste de paires de pièces. Nous pouvons désormais commencer à comprendre comment elles s'associent.»

Scientific American ajoute: «Roth estime que la nouvelle carte contient entre 5 et 10 pour cent de toutes les interactions entre protéines dans les cellules humaines. Cela ne semble pas beaucoup mais la dernière grande avancée pour l'interactome humain était il y a presque une décennie, quand Roth a publié sa première carte d'à peine 3 000 interactions de protéines.»

Les scientifiques ont utilisé des expériences en laboratoire pour identifier les interactions pour ensuite utiliser la modélisation informatique pour se concentrer sur des protéines qui se connectent à une ou plusieurs autres protéines cancéreuses.

S'adressant à la revue Lab Product News, Roth a fait remarquer que c'est la première fois qu'une étude a montré que les protéines cancéreuses ont plus de chances de s'interconnecter les unes aux autres que de se connecter à des protéines aléatoires non-cancéreuses. «Quand on voit que les protéines associées à la même maladie ont plus de chances de se connecter entre elles, on peut désormais utiliser ce réseau d'interactions comme outil de prévision pour découvrir de nouvelles protéines cancéreuses, et les gènes qu'elles encodent.»

Le magazine Scientific American met l'accent sur les applications immédiates pour la recherche sur le cancer: «Les études ont associé le gène MAPK1IP1L à la formation de tumeur chez les souris, mais cela n'a pas été étudié dans le détail et la protéine produite n'est pas actuellement reconnue comme protéine cancéreuse chez l'homme. L'étude de Roth a découvert que MAPK1IP1L interagit avec au moins trois protéines cancéreuses connues. Cela ne signifie pas forcément que MAPK1IPL est un gène cancéreux, mais cela ouvre une voie pour la recherche future.»

Pour plus d'informations, veuillez consulter:
http://www.cell.com/cell/abstract/S0092-8674%2814%2901422-6