Coordonner la recherche sur le microbiome humain

Notre organisme compte des milliers d'espèces bactériennes différentes dont le nombre total dépasse de loin le nombre de cellules humaines. Leur impact sur la physiologie, l'immunité et la nutrition ne fait aucun doute même s'il parait dans le même temps, extrêmement complexe.

La détermination des différentes communautés microbiennes du corps humain a fait l'objet de nombreuses recherches. Pourtant, pour pouvoir établir une comparaison des données entre différentes études et minimiser les variations, des protocoles uniformes sont absolument nécessaires. L'objet de l'initiative IHMS («International human microbiome standards»), financée par l'UE, consiste justement à standardiser les procédures de la recherche sur le microbiome.

Dans ce cadre, les différents groupes participants compareront et optimiseront les procédures et protocoles standards pour le recueil des échantillons, le séquençage du génome microbien et l'analyse des données. Pendant la première partie du projet, les partenaires ont passé en revue les pratiques actuelles de plus de vingt groupes de recherche impliqués dans la métagénomique intestinale humaine.

Concernant par exemple la collecte d'échantillons, les membres du projet optimisent les différents paramètres influant sur leur qualité comme la durée, la température, le stockage ou le transport. Idéalement, les échantillons prélevés à la maison devraient être transportés le jour même et de préférence conservés au froid. Afin d'éviter une détérioration de la croissance bactérienne à température ambiante, il est également préférable de réaliser les expéditions des échantillons en conditions anaérobies. La méthode de collecte des échantillons proposée par les partenaires du projet garantit la conservation des espèces bactériennes avant analyse.

Le consortium a jusqu'ici séquencé l'ADN microbien obtenu à partir de 24 échantillons de fèces et comparé l'abondance de plus de trois millions de gènes. Après l'analyse et la compilation de ces données, les chercheurs voudraient également réaliser une évaluation phylogénétique en déterminant la composition phylogénétique de chaque échantillon. Ces travaux devraient constituer un outil majeur pour la caractérisation des différentes communautés microbiennes.

Les recherches de l'IHMS permettront de déterminer comment différents terrains génétiques, régimes alimentaires ou plus généralement différents modes de vie affectent la composition des communautés microbiennes d'un appareil digestif normal. L'élaboration de nouveaux composés pharmaceutiques destinés à améliorer la compétitivité de notre flore microbienne endogène permettra quant à elle d'améliorer ou de restaurer notre santé.