La pathogenèse de la tuberculose, sa virulence et persistance

Le projet SYSTEMTB («Systems biology of Mycobacterium tuberculosis») a mis au point un cadre de biologie des systèmes pour des études de modèles sur l'agent causal, MTb. La compréhension des interactions de MTb avec l'organisme hôte est nécessaire pour développer des stratégies innovantes et rentables de lutte contre la TB.

SYSTEMTB a généré des ensembles de données quantitatives de MTb décrivant la transcriptomique, la protéomique, la métabolomique, la génomique structurelle, la lipidomique et la glycomique. Des modèles informatiques accordant un intérêt particulier sur le métabolisme, les réseaux de régulation et la régulation de transcription ont été développés.

L'identification de nouvelles cibles thérapeutiques pour une intervention thérapeutique basée sur la modélisation informatique était une part importante du projet. Ces approches offrent un cadre rationnel pour mieux comprendre la physiologie mycobactérienne pendant l'infection.

Le projet a entraîné une compréhension plus claire des interactions physiques, des structures, des fonctions et des localisations des protéines de MTb. Une base de données sur le site web de SYSTEMTB permettra à la communauté scientifique d'accéder aisément à la bibliothèque de données de MTb marquées par fluorescence. La base de données intègre des clones de MTb avec leurs images de localisation de protéines. Plus de 2 000 clones de la bibliothèque ont été amplifiés et transmis aux membres du consortium.

Plusieurs ressources ont été publiées suite au projet. Ainsi, la base de données PeptideAtlas est à ce jour la plus grande collection de bases de données protéomiques pour MTb. La base de données SMRAtlas contient des analyses de spectrométrie de masse pour le protéome complet de MTb. La base de données PASSEL contient des preuves expérimentales pour chaque protéine identifiée par les analyses de mesure de réactions sélectionnées (Selected Reaction Monitoring, SRM) de la base de données SRMAtlas.

Suite au projet SYSTEMTB, un modèle consensuel de contrainte pangénomique du métabolisme et du transport de MTb a été généré. Ce modèle est actuellement le modèle le plus complet de métabolisme de MTb avec 1 179 réactions, 874 gènes et 83 % de réactions avec une association génétique. La clé du succès du projet SYSTEMTB était l'intégration d'études structurelles et fonctionnelles et de bioinformatique.