Le microbiome intestinal, cet organe oublié

Nos corps contiennent des milliers d'espèces bactériennes différentes qui dépassent de plus de dix fois celui des cellules. Leur impact sur la physiologie, l'immunité et la nutrition est indisputé, mais également très complexe.

L'identification et la caractérisation des communautés microbiennes humaines a été le sujet de nombreuses différentes études de recherche. Néanmoins, pour comparer les données entre les études et minimiser les variations, des protocoles uniformes sont nécessaires. La portée de l'initiative IHMS (International human microbiome standards), financé par l'UE, a normalisé les procédures de la recherche du microbiome humain.

Se concentrant principalement sur les communautés du microbiote intestinal, les groupes participants ont comparé et optimisé les procédures standard et les protocoles dans la compilation d'échantillons, de séquençage de génomes microbiens et l'analyse de données. Toutes les procédures opératoires standard (POS) sont accessibles par le site web d'IHMS.

Les partenaires ont optimisé plusieurs paramètres de la procédure de prélèvement, y compris le temps et la température de collecte, de stockage et de livraison sur la qualité des échantillons. Idéalement, les échantillons compilés à la maison doivent être transportés dans la journée suivante, de préférence dans des conditions anaérobies froides. Les deux méthodes proposées par IHMS de collecte d'échantillons et de transport garantissent la préservation des espèces microbiennes pour être analysés.

Le consortium a développé 3 POS pour le séquençage de l'ADN en utilisant des données de plus de 20 laboratoires. Ils ont analysé et compilé ces données en utilisant deux POS pour réaliser une évaluation phylogénétique dans chaque échantillon. Cela constitue un outil important dans la caractérisation des communautés microbiennes, l'une se base sur la taxonomie et l'autre s'appuie sur la fonction.

Une procédure générique a été développée pour regrouper les gènes codés par les mêmes génomes et pour assembler des génomes complets avec une qualité élevée. Cela a permis la découverte de plus de 500 nouvelles espèces et près de 5 000 éléments génétiques plus petits, comme les virus et les plasmides.

La recherche de l'IHMS identifiera comment les fondements génétiques, les alimentations et, plus généralement, les styles de vie affectent le microbiote intestinal normal. Par la conception de médicaments pharmaceutiques innovants pour améliorer la forme physique endogène, elle contribuera à améliorer ou à restaurer un bon état de santé.