Une voie d'affinité protéique

L'analyse du protéome humain, appelée la protéomique, présente une signification majeure en matière de recherche fondamentale et médicale. Les applications de la protéomique continuent de s'étendre et devraient prochainement faire partie des industries biotechnologiques et pharmaceutiques.

Afin de réaliser le potentiel de la protéomique, le développement et la disponibilité des réacteurs protéiques et notamment des molécules liantes spécifiques est critique. Une filière de production à haut débit des liants est nécessaire pour permettre l'investigation de l'expression, de la modification et de l'interaction de toutes les protéines encodées par le génome.

L'objectif du projet AFFINOMICS (Protein binders for characterisation of human proteome function: generation, validation, application), financé par l'UE, était d'actualiser un conduit automatisé, haut débit pour la production de liants protéomiques. Le consortium AFFINOMICS comprenait 19 centres européens éminents et un partenaire industriel, et l'objectif principal était d'étudier les voies de transduction du signal et les protéines liées au cancer.

À l'exception des anticorps standard monoclonaux et polyclonaux, le consortium a effectué des progrès principalement technologiques sur la voie d'une production de molécules liantes de recombinaison. Dans ce contexte, ils ont utilisé des systèmes de sélection moléculaire comme la présentation du phage et du ribosome. Afin d'accomplir les propriétés nécessaires pour diverses applications, les liants protéiques devaient être conçus avec soin sur la base de la structure des protéines complétement repliées, des domaines individuels ou des modifications spécifiques.

Dans l'ensemble, AFFINOMICS a généré et caractérisé des liants pour plus de 1400 kinases, phosphatases, et des protéines mutées dans les biomarqueurs du cancer et du plasma. Les informations sur toutes les protéines cibles et liantes produites sont disponibles gratuitement ici.

La mise en œuvre des technologies à base de liants AFFINOMICS et des outils vers l'analyse protéomique de la transduction du signal a fourni un nouvel aperçu. Cela a permis de définir comment les complexes de signalisation s'assemblent et s'intègrent à des réseaux plus larges tout en révélant comment ils deviennent dysfonctionnels. Dans l'ensemble, la boîte à outils des liants AFFINOMICS offre des possibilités sans précédent non seulement pour la recherche fondamentale et les soins de santé mais également pour le développement de médicaments.