Des outils chimiques en libre accès pourraient accélérer le développement de médicaments attendus

Les sondes chimiques sont des outils importants dans la recherche de nouveaux médicaments. Les experts en biologie chimique recourent fréquemment à ces petites molécules pour étudier ou manipuler des systèmes biologiques comme les cellules et les organismes. Bien que l’industrie pharmaceutique ait produit de nombreuses sondes de haute qualité, les données collectées sont souvent incomplètes ou trompeuses. Cette absence de données fiables représente un obstacle pour les chercheurs qui décident des outils chimiques à utiliser dans leur quête de nouveaux traitements.

Pour pallier ce manque d’accès aux connaissances, un groupe d’entreprises pharmaceutiques, d’universités, d’hôpitaux et d’organismes de recherche ont uni leurs forces pour rendre un grand nombre de sondes innovantes et leurs données connexes accessibles à la communauté de la recherche. Grâce à un financement partiel de l’UE par l’intermédiaire du projet ULTRA-DD, les partenaires ont lancé un site web intitulé «Open Science Probes». Ce site fournit des informations sur une collection unique de sondes, ainsi que sur leurs données connexes et leurs composés témoins. Il propose également des informations sur la manière d’utiliser les molécules et offre la possibilité de les commander. Les outils chimiques et les connaissances ciblées rendus disponibles sont décrits dans un article publié sur la plateforme eLife.

Sélection des sondes

Les sondes publiées sur le site web répondent à certains critères. Elles ont une puissance in vitro de moins de 100 nm, une sélectivité plus de 30 fois supérieure au sein de la famille cible, un vaste profilage des activités hors cible en dehors de la famille cible et une importante activité cellulaire sur cible de moins de 1 μm. En outre, un composé témoin 100 fois moins puissant est disponible pour chaque sonde, et les composés appelés PAINS (pan-assay interference compounds) sont exclus. Ces sondes complètent la collection générée par le Structural Genomics Consortium à but non lucratif et ses collaborateurs.

Afin de garantir une qualité optimale, les sondes et les composés témoins subissent un processus de révision à deux niveaux. Le premier consiste en un examen interne effectué par des partenaires non impliqués dans le développement de la sonde en question. Le deuxième est mené en externe par des scientifiques indépendants.

Les sondes varient de nouveaux composés de pointe à des sondes sélectionnées, car elles se présentent avec des composés témoins. Tandis que certains composés sont déjà disponibles sur le marché, la plupart d’entre eux ne disposent d’aucun composé témoin généralement qualifié de partenaire. Les sondes couvrent les protéines issues de nombreuses familles de cibles médicamenteuses, comme le récepteur couplé aux protéines G, les kinases et les protéases. Elles couvrent également d’autres cibles protéiques associées au traitement du cancer, des maladies inflammatoires et des maladies neurodégénératives.

Les partenaires espèrent que le projet encouragera d’autres entreprises et universités à les rejoindre, et à faire don de sondes qui profiteront à la communauté de la recherche. «Selon nous, il s’agit d’une première étape prometteuse pour trouver et fournir des sondes chimiques de haute qualité, afin de délivrer de nouvelles cibles biologiques et, par la suite, de nouvelles cibles de haute qualité pour la découverte de médicaments», déclarent-ils dans l’article eLife.

De futurs projets

La prochaine étape consiste à ajouter d’autres caractéristiques au site web, comme des recherches de la sous-structure chimique. Des détails complets des essais seront fournis, et les réactifs utilisés seront répertoriés pour aider les scientifiques. Le projet entend générer plus de 70 000 ensembles de données biologiques au cours des deux prochaines années, en créant une source riche et facilement accessible d’informations pour les chercheurs.

Grâce à ses efforts, ULTRA-DD (Unrestricted Leveraging of Targets for Research Advancement and Drug Discovery) joue un rôle important dans l’accélération du développement de médicaments dans des domaines où ils sont plus que nécessaires. La judicieuse politique d’accès libre du projet ouvre la voie à la découverte de nouveaux traitements jusqu’ici entravée en raison du manque de connaissances, de ressources et d’outils utiles.

Pour plus d’informations, veuillez consulter:
site web du projet ULTRA-DD