De nouvelles communautés de recherche virtuelles pour créer et partager des données sur la biodiversité

L'une des principales difficultés que rencontrent les experts en histoire naturelle est de classer et de partager les données sans cesse collectées sur ces millions d'espèces.

Au cours de ses trois années d'activité, le projet VIBRANT a mis en place un réseau de communautés scientifiques en ligne, qui compilent des données sur la biodiversité, et leur a fourni les outils pour assurer le partage et la publication de leurs données. Le projet a ainsi contribué à réduire la fragmentation des activités visant à réaliser des systèmes et des logiciels informatiques sur la biodiversité.

VIBRANT s'est inspiré du concept de Scratchpads, une plateforme en accès libre gratuite, pour faciliter la création de centaines de nouvelles communautés en ligne.

Ces communautés sont reliées via Internet et fournissent leurs données aux plus importantes bases de données internationales sur la biodiversité. VIBRANT aide les utilisateurs à préparer des articles pour publication, à établir des bases de données bibliographiques et à créer des collections de référence d'images et d'observations. L'ensemble des services développés par VIBRANT comprend aussi un outil pour l'analyse rapide de la répartition géospatiale des espèces, une plateforme scientifique grand public pour la surveillance marine, ainsi qu'un cadre d'analyse des données sur la biodiversité.

DES FOURMIS AUX CHAUVES-SOURIS ET DES HOMARDS AUX BALEINES

EDIT, un projet de l'UE précédent, avait mis en place une centaine de communautés d'utilisateurs. Grâce au projet VIBRANT, elles sont aujourd'hui plus de 580. Elles représentent environ 6 500 utilisateurs actifs qui étudient un très grand nombre d'espèces à l'échelle mondiale. Le site dédié aux phasmes (les insectes en forme de bâtonnet) compte plus d'un millier d'utilisateurs, ce qui indique le grand nombre de personnes qui s'intéressent à leur élevage.

«En matière de taxonomie, ma formation a porté sur les poux parasites, dont on connaît environ 5 000 espèces qui vivent sur environ 5 000 espèces de mammifères et 10 000 espèces d'oiseaux. J'ai eu du mal à étudier ce groupe et à gérer toutes ces informations», expliquait le Dr Vince Smith du Natural History Museum de Londres, coordinateur de VIBRANT.

Grâce aux modèles de Scratchpads, les scientifiques amateurs ou professionnels peuvent créer leur propre site web dédié, où qu'ils soient dans le monde, et l'héberger au musée.

Ils partagent leurs données en les publiant en ligne, tout en conservant leur droit de propriété et en respectant les termes et conditions du réseau mis en place par VIBRANT.

Scratchpads fournit aussi un accès immédiat à divers outils d'analyse, des clés d'identification et des bases de données, qui ont été développés ou améliorés durant le projet.

VIBRANT a aussi créé le Biodiversity Data Journal (BDJ), une nouvelle revue à comité de lecture en accès libre. Les utilisateurs de Scratchpads peuvent entrer leurs recherches dans un document modèle qui leur permet de générer un article spécifique et de le publier, à l'échelle internationale, en ligne, dans le BDJ, en étant crédité pour leurs travaux. Ceci est possible grâce au développement du Pensoft Writing Tool (PWT), qui représente un remarquable exemple de la nouvelle génération de publication universitaire. Cet outil fait la liaison entre Scratchpads et le BDJ et sert de plateforme intégrée d'édition, de publication évaluée par des pairs, et de collaboration en ligne.

LES DONNÉES MASSIVES DANS LES INITIATIVES INTERNATIONALES DE PRÉSERVATION

Le projet VIBRANT aide tous les chercheurs à relier leurs données et à les partager avec de grands référentiels sur la biodiversité. C'est ainsi que Scratchpads collabore avec le Centre d'information mondial sur la biodiversité (GBIF), PESI (Pan-European Species directories Infrastructure), la Biodiversity Heritage Library et l'Encyclopédie de la Vie, un projet collaboratif qui vise à documenter toutes les espèces vivantes connues de notre planète, soit environ 1,9 million.

Le Dr Thomas Couvreur au Cameroun anime une communauté Scratchpads sur les palmiers d'Afrique et les Annonacées, une famille de plantes tropicales: «Elle apporte une plateforme professionnelle de collaboration entre mes collègues de par le monde, pour partager des données comme des photos d'espèces, des ensembles de données, de la bibliographie et des informations générales». Eli Sarnat, un autre coordinateur en Californie aux États-Unis, dispose d'une communauté sur les fourmis: «La plateforme m'a été d'un grand secours pour savoir quelles sont les données de biodiversité que je dois enregistrer, et de quelle manière».

Le projet VIBRANT a été opérationnel de décembre 2010 à novembre 2013. Sous la direction du Natural History Museum de Londres, il a impliqué 17 partenaires originaires de 9 pays et a reçu 4,75 millions d'euros du 7e PC.


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